系统发育树，也称为演化树，是一种图形表示，展示了不同物种或分类群之间的进化关系。系统发育树的可信度是指其准确反映真实进化历史的程度。可信度对于系统发育分析和进化生物学至关重要，因为它决定了我们对物种关系和演化史的置信度。评估系统发育树可信度的8-20个方面1. 自助支持率自助支持率（bootstrap support）是对系统发育树特定分支存在的概率的估计值。它是通过对原始数据进行多次抽样和重新构建树来计算的。高自助支持率（通常
系统发育树，也称为演化树，是一种图形表示，展示了不同物种或分类群之间的进化关系。系统发育树的可信度是指其准确反映真实进化历史的程度。可信度对于系统发育分析和进化生物学至关重要，因为它决定了我们对物种关系和演化史的置信度。
评估系统发育树可信度的8-20个方面
1. 自助支持率
自助支持率（bootstrap support）是对系统发育树特定分支存在的概率的估计值。它是通过对原始数据进行多次抽样和重新构建树来计算的。高自助支持率（通常>70%）表示该分支很可能存在于真正的树中。
2. 邻域连接交换
邻域连接交换（nearest-neighbor interchange，NNI）是一种对树进行局部重新排列的操作。高NNI值表示存在大量可能的替代拓扑结构，这表明树的可信度较低。
3. 置信度区间
置信度区间（confidence interval）是对树特定分支长度的不确定性的度量。狭窄的置信区间表明分支长度估计的确定性高，这增强了树的可信度。
4. 分支长度一致性
分支长度一致性是指沿树的不同路径之间分支长度的相似程度。高分支长度一致性表明树是合理的，因为所有分支都具有相似的演化速率。
5. 分支支持指数
分支支持指数（branch support index）是用于量化系统发育树分支可信度的各种统计值，包括自助支持率、NNI值和置换检验 p 值。
6. 群集支持
群集支持是指树中群集或进化支系的稳健性。高群集支持表明这些群集很可能存在于真正的树中，这增强了树的可信度。
7. 图形显示
图形显示，例如树状图和分支图，可以直观地展示树的可信度。清晰的分支和高自助支持率表明树是可信的。
8. 替代拓扑
通过探索替代拓扑结构，可以评估系统发育树的可信度。如果替代拓扑结构的树长度显著较高，则支持原始树的可信度。
9. 化石校准
化石校准涉及将化石数据纳入系统发育分析。这可以通过提供已知分歧时间点来帮助确定树的演化速率和时间尺度，从而提高可信度。
10. 多重基因比较
使用多个基因进行系统发育分析可以提高树的可信度。如果不同基因的树拓扑结构是一致的，则增加了一种验证结论的手段。
11. 分子钟假设
分子钟假设假设所有谱系以恒定的速率进化。如果分子钟假设得到支持，则可以用来校准树的演化速率，从而提高其可信度。
12. 异形同源性
异形同源性是指序列或结构中的相似的遗传特征，但由于不同的演化历史而具有不同的功能。考虑异形同源性可以帮助阐明树的可信度，因为它表明相似性并非由于共同祖先。
13. 同源序列
同源序列是指起源于共同祖先的序列。使用同源序列进行系统发育分析可以增加树的可信度，因为它们提供了演化历史的直接证据。
14. 模型选择
选择适当的进化模型对于系统发育树的可信度至关重要。不同的进化模型假定不同的突变率和演化速率，因此选择最适合数据的模型可以提高树的准确性。
15. 差异程度
差异程度是指物种或分类群之间序列或形态差异的程度。高差异程度可以提供更可靠的系统发育信息，因为它更能反映演化历史。
16. 系统发育一致性
系统发育一致性是指数据集中不同特征或基因之间的兼容性。高系统发育一致性表明树是合理的，因为所有数据都支持相同的进化关系。
17. 收敛进化
收敛进化是指无关物种由于相似的生活方式或环境而进化出相似的特征。考虑收敛进化对于系统发育树的可信度至关重要，因为它可能会导致错误的分组。
18. 缺失数据
缺失数据是指数据集中缺少某些物种或分类群的序列或形态信息。缺失数据可能会影响树的可信度，因此应仔细处理。
19. 长枝吸效应
长枝吸效应是指当树中某些分支比其他分支长得多时发生的现象。这可能会导致错误的分组，因为长分支可以吸引较短的分支，从而产生虚假的亲缘关系。
20. 统计检验
统计检验，例如置换检验和似然比检验，可以用来评估系统发育树的可信度。这些检验模拟替代假设并根据观察到的数据计算 p 值，以帮助确定树是否统计显著。
